Vegetationsgeografisch kann man auf Stromboli 3 charakteristische Zonen unterscheiden:
1. Vom Meeresniveau bis auf etwa 100 m Höhe zieht sich die untere Hangzone. Hier liegen die Siedlungsgebiete von San Vincenzo und San Bartolo an der Nordostküste und, auf der entgegen gesetzten Südwestküste, der kleine Ort Ginostra. Hier gibt es heute noch Rebenanbau und Olivenhaine. Früher zog sich diese Kulturzone mit landwirtschaftlicher Nutzung bis in eine Höhe von 600 m die Bergflanken empor, erkennbar an der heute weitgehend verwachsenen Terrassierung der Hänge.
2. Oberhalb der unteren Hangzone schließt sich der landwirtschaftlich heute nicht mehr genutzte Bereich mit der typischen Macchia an. Hier herrschen niedrige Hartholzgewächse, Dornensträucher, Ginster- und Pfahlrohrbewuchs vor. Wegen des Vorherrschens des Pfahlrohrbewuchses wird diese Zone, die bis etwa 600 m den Berg hinauf reicht, oft Schilfzone genannt.
3. Oberhalb von etwa 600 m Meeresniveau beginnt das pflanzenfreie und mit Aschen bedeckte Gipfelgebiet, in dem auch die Kraterterrasse liegt. Die fast völlig fehlende Vegetation ist durch die losen und immer wieder umgelagerten feinen Aschen und Sande bedingt. Auch durch die Einwirkung vulkanischer Gase und die ständigen, mehr oder weniger heftigen Aschenauswürfe, insbesondere im Bereich der Sciara del Fuoco, die sich von der Kraterterrasse steil bis ins Meer zieht, kann sich hier keine Vegetation entfalten.