Am 23. Januar 2002 gab es im Gipfelbereich eine größere Explosion, die in allen Siedlungen der Insel gehört wurde. Auf die Ortschaften fiel minutenlang ein leichter Aschenregen. Danach nahm die Aktivität des Vulkans zunächst wieder ab. Im Sommer des Jahres hatte die Tätigkeit der Fossa jedoch wieder zugenommen und am 24. Juli gab es wiederum eine überall hörbare Explosion, die von einer etwa 500 m hohen, braunen, pilzförmigen Aschenwolke begleitet wurde.

Kurz nach Weihnachten 2002 kam es dann urplötzlich zu einer äußerst heftigen Eruption. Schaden entstand allerdings erst, als in Folge der Erschütterung eine Flanke des Vulkans abbrach und ins Meer stürzte. Die folgende Flutwelle richtete auf Stromboli selbst und auf einigen Nachbarinseln Schaden an. Daraufhin wurden die Bewohner Strombolis auf die Nachbarinsel Lipari evakuiert, wo sie für mehrere Wochen in Hotels untergebracht wurden. Touristenschiffe fuhren Stromboli nicht mehr an.

Erst als sich der Vulkan einigermaßen beruhigt hatte, kamen nicht nur die Einheimischen, sondern auch die Touristen zurück. Trotzdem ist ein Besteigen des Gipfels zurzeit streng verboten (Stand September 2004). Touristen ohne offizielle Führer dürfen lediglich auf eine Höhe von 290 m, geführte Touristen bis 400 m aufsteigen.

Im März 2003 gab es fortwährende kleinere Lavaströme und Felsstürze auf der Sciara. Am Morgen des 5. April ereignete sich dann eine größere Eruption, die in Stromboli-Ort deutlich zu hören war. Über der Fossa stieg eine große Pilzwolke auf, die Inselbewohner konnten das Einschlagen größerer Blöcke hören. In Ginostra gingen einige Blöcke nieder. Es gab zwar keine Verletzten, jedoch wurden zwei Häuser von metergroßen Bomben getroffen und beschädigt. Auf der Seite von Stromboli-Ort gingen ebenfalls Bomben nieder, die den Ort allerdings nicht erreichten. Einige Wissenschaftler des Geologischen Instituts in Catania beobachteten die starken Eruptionen vom Hubschrauber aus: